Bahagian :

Sektor Dasar

Bahagian Penyelarasan
Bahagian Keselamatan Perlindungan ICT dan Rahsia Rasmi
Bahagian Keselamatan Personel
Bahagian Keselamatan Fizikal dan Penilaian Teknikal
Bahagian Kompleks Pentadbiran Kerajaan Persekutuan Putrajaya.

Sektor Operasi

Bahagian Khidmat Pengurusan
Pusat Latihan Keselamatan Perlindungan Malaysia
Bahagian Sasaran Penting dan KLTL
Bahagian Inspektorat Pematuhan dan Pengiktirafan